Borneo dikelilingi oleh Laut China Selatan di utara dan barat laut, Laut Sulu di timur laut, Laut Sulawesi dan Selat Makasar di sebelah timur, dan Laut Jawa dan Selat Karimata di selatan. Ini adalah pulau terbesar di Kepulauan Melayu, dengan luas 743,330 kilometer persegi (287,000 batu²). Di sebelah barat Borneo adalah Semenanjung Tanah Melayu dan Sumatera, di sebelah selatan adalah Jawa, di sebelah timur adalah Sulawesi, dan di sebelah timur laut adalah Filipina.

Titik tertinggi Borneo adalah Gunung Kinabalu di Sabah, Malaysia, dengan ketinggian 4,095 m (13,435 ka) di atas permukaan laut. Ini adalah puncak tertinggi ketiga di Asia Tenggara, yang juga membuat Borneo menjadi pulau tertinggi ketiga di dunia.

Sistem sungai yang terbesar adalah Kapuas di Kalimantan Barat. Dengan panjang 1,143 km (710 bt), ini adalah sungai terpanjang di Indonesia. Sungai terpanjang Malaysia, iaitu Rajang, terletak di Sarawak dan panjangnya 562.5 km (349.5 bt). Sungai-sungai besar yang lain adalah Barito di Kalimantan Selatan sepanjang 880 km (550 bt) dan Mahakam di Kalimantan Timur sepanjang 980 km (610 bt).

Borneo mempunyai sistem gua yang signifikan. Sebagai contoh, Gua Air Jernih di Taman Negara Mulu memiliki salah satu sungai bawah tanah yang terpanjang di dunia. Contoh lain adalah Gua Rusa, yang dianggap sebagai salah satu gua terbesar di dunia, merupakan tempat bagi lebih dari tiga juta kelawar dan memiliki akumulasi guano yang lebih tinggi dari 100 meter (330 kaki).